- Unmittelbar an die Abtei von St. Peter angebaut, bestand seit dem 11./12. Jh. der Nonnenkonvent der Petersfrauen, der unter Oberleitung des nachbarlichen Abtes stand. Nach einem Intrigenspiel 1583 wurde das Kloster aufgehoben und noch im selben Jahr durch Erzbischof-Koadjutor Georg von Kuenburg den Franziskanern – dem ersten Bettelorden in Salzburg – übergeben. Die Patres kamen aus den bayerischen Konventen München, Dillingen und Landshut. Da das Bürgertum der Landeshauptstadt dem Protestantismus zuneigte, konnte sich der neue Orden im Rahmen der Rekatholisierung rasche Verdienste erwerben.
1592 übergab Wolf Dietrich den Franziskanern die der hl. Maria geweihte alte Stadtpfarrkirche, die bereits unter Bischof Virgil (746/49-784) als alte Tauf- und Synodialkirche Erwähnung findet.
Heute nimmt dieses Gotteshaus neben dem Dom die bemerkenswerteste Position unter den Salzburger Kirchen ein. Nach dem großen Stadtbrand im Machtkampf zwischen Kaiser und Kirche 1167 – durch Anhänger Kaiser Friedrich Barbarossas gelegt – konnte der spätromanische Neubau 1223 geweiht werden. Seit der großen Kirchenreform im 11. und 12. Jh. diente die Marienkirche neben den benediktinischen Petersfrauen auch dem Augustiner Chorherrenstift der Domfrauen als Heimstätte für Gottesdienste, die jedoch in den eigenen Betchören, getrennt über dem Kirchenschiff liegend, gefeiert wurden.
Als Zeichen neuen Selbstbewusstseins stiftete das Salzburger Bürgertum im 15 Jh. den spätgotischen Hallenchor sowie einen Flügelaltar des Brunecker Künstlers Michael Pacher – den größten den die Gotik hervorbrachte.
Erzbischof Paris Lodron übertrug die Pfarrechte an den Dom und stellte die Marienkirche ganz dem Orden zur Verfügung, worauf sich in der Folge der Name Franziskanerkirche durchsetzte.
Um eine neue Straße – eine „Via triumphalis“ Richtung Dom – anlegen zu können, ließ Wolf Dietrich 1605 das Kloster völlig umgestalten und verkleinern. Somit war auch ein neuer Verbindungsgang über die Franziskanergasse vom Kloster als direkter Zugang ins Langhaus der Kirche notwendig. Erzbischof Max Gandolf von Kuenburg ließ 1686-89 an den Bau Wolf Dietrichs einen neuen Trakt um einen Binnenhof in Form eines Dreiflügelbaus mit Kreuzgang anfügen.
Pater Peter Singer, 1810 – 1881 an dem von ihm konstruierten Pansymphonium © C. Schneeweiss Dem Orgelvirtuosen und Komponisten P. Peter Singer (1810-1881), der sich auch durch den Bau seines Pansymphoniums (Kombinationsinstrument aus Harmonium und Piano) hervortat, ist eine Gedenkstätte im Kloster gewidmet. Die Beschlagnahme des Klosters durch die Nationalsozialisten am 13.10.1938 konnte nur gegen heftigen Protest erfolgen. Nach Kriegsende wurde das Gebäude an den Konvent zurückgegeben.
- Das dunkel wirkende, dreischiffige Langhaus der Franziskanerkirche ist das bedeutendste romanische Baudenkmal der Stadt.Der atemberaubende gotische Hochchor, von einem leicht wirkenden Sternrippengewölbe überspannt, an fünf Seiten zu einem Zwölfeck geformt, ist durch den berühmten Baumeister Hans von Burghausen 1408 bis 1432 errichtet und von seinem Schüler Stefan Krumenauer ab 1452 vollendet worden. Die Verquickung eines Pfeilerumgangs mit einem Kapellenkranzmotiv bildet eine neue Variante eines spätgotischen Kirchentypus mit Emporen. Das nach innen gezogene Strebesystem lässt neun Radialkapellen entstehen, von denen einige den Zünften des städtischen Handwerks gewidmet waren. Andere sind, an die Funktion als erzbischöflichen Hofkirche im Zeitraum von 1600-1628 erinnernd, mit prunkvoller Ausstattung versehen worden.
Die Gruppierung des Ganzen um den monumentalen Hauptaltar (1709/10), der in einem Säulendreieck platziert ist, lässt den Eindruck eines Zentralbaus entstehen. Der barocke Hochaltar, ein meisterhaftes Werk des großen Architekten J. B. Fischer von Erlach, folgt den Proportionen des großartigen Vorgängeraltares und fügt die beiden scharf getrennten Bauteile – romanisches Langhaus und gotischer Hochchor – in ein harmonisches Ganzes.
J. B. Fischer von Erlach hat die spätgotische Marienfigur vom Flügelaltar des Michael Pacher übernommen © C. Schneeweiss Dem Patrozinium „Unsere liebe Frau“ entsprechend, bildet Maria als würdevolle Königin am Thron Salomons inmitten des Strahlenkranzes, umgeben von Symbolen der lauretanischen Litanei, einen effektvollen Akzent und markiert das eigentliche Zentrum der Kirche.Als Gnadenbild und bedeutendster Kunstschatz der Kirche seit 1495 verehrt, ist sie heute nur mehr Fragment des großartigsten Flügelaltares, den der Brunecker Künstler Michael Pacher je geschaffen hatte. Im Kapellenkranz befinden sich weitere beachtenswerte Werke wie der Franziskusaltar, ein Frühwerk des aus Laufen stammenden Barockmalers Johann Michael Rottmayr, ein Bild der Geburt Christi des sienesischen Malers Francesco Vanni um 1600, sowie der Marmoraltar von 1561 mit der Auferstehung Christi. An mehreren Stellen im Kircheninneren sind Reste von Fresken erhalten, Werke des Salzburger Malers Konrad Laib aus der Mitte des 15. Jh. Die spätgotische Darstellung der mittelalterlichen Bauhütte mit den beiden Architekten im Portrait ist an einer Säule rechts vom Hochaltar zu finden. An der nördlichen Klosterwand nahe dem Schwibbogen markiert ein Franziskusrelief aus dem Jahr 1600 die ehemalige Klosterpforte.
- Der Salzburger Konvent besteht derzeit aus 14 Franziskanern, die Messen in der Franzikaner- und Kajetanerkirche halten und sich der Krankenhausseelsorge sowie der Beicht- und Messaushilfe in der Stadt Salzburg und Umgebung widmen. Außerdem betreuen sie mit Messfeiern und als Beichtväter die Halleiner Schulschwestern und die Nonnen des Loretoklosters.